I sidste film rejste pingvinerne til Europa, men de vendte aldrig hjem igen, så nu rejser Alex og venner over det store hav for at hente pingvinerne hjem igen. Det bliver ikke en rejse uden problemer, for de lokale veterinærmyndigheder er ikke helt glade for at have løver, giraffer og flodheste rendende rundt.

Så mens pingvinerne arbejder på at sprænge det lokale casino i luften søger Alex, Marty og Alex tilflugt i et cirkus der er på vej til New York.