Hvad skal en trold give sig til, når han har kæmpet mod en ond drage, reddet en smuk prinsesse og svigerfamiliens kongerige? Ja, hvis man er Shrek, ender man pludselig som familiefar. Så i stedet for at skræmme livet af landsbyboere, som han plejede, må Shrek modstræbende skrive autografer på høtyve. Hvad er der sket med troldens brøl? Shrek savner de gamle dage, hvor han følte sig som en rigtig trold og han derfor bliver narret til at underskrive en pagt med den indsmigrende Rumleskaft. Pludselig befinder Shrek sig i en forskruet udgave af Kongeriget Langt, Langt Borte, hvor trolde bliver forfulgt, Rumleskaft er konge og Shrek og Fiona aldrig har mødt hinanden. Det er nu op til Shrek at ophæve, hvad han har gjort, så han kan redde sine venner, genskabe sin verden og få sin eneste ene tilbage.